Agriculture • Alimentation • Environnement

Volume horaire : 50.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : E. Réveillac, D. Ombredane

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Cette UC vise à présenter les aspects fonctionnels, physiologiques, adaptatifs et comportementaux des espèces aquatiques animales qui leur permettent de s'adapter à un environnement spécifique, d'y survivre et de se renouveler. Son objectif est de de donner des bases pour appréhender dans d’autres cours la dynamique des ressources et la dimension écosystémique de leur gestion.

Contenu de l'enseignement :

L'enseignement se décompose en 2 parties :

Partie théorique - E. Réveillac, D. Ombredane, H. Le Bris (30h)
Cette partie est abordée par le biais de 3 groupes majeurs : mollusques, crustacés et poissons. Elle s’attache caractériser les organismes par leur anatomie constitutive et à décrire la spécificité pour les milieux aquatiques des fonctions physiologiques et biologiques fondamentales que sont l’alimentation, la croissance, la respiration, la locomotion, l’osmorégulation et la reproduction. Des aspects comportementaux comme les déplacements et les migrations et plus largement écologiques sont aussi abordés. Une séance de travaux pratiques (6h) visant à identifier au niveau spécifique un panel d’organismes aquatiques de ces trois grands groupes vient finaliser ces enseignements théoriques.

Travail personnel - E. Réveillac, D. Ombredane (20h)
S’en suit une partie de travail personnel réalisé par chaque étudiant consistant à décrire la biologie et l’écologie d’espèces d’intérêt halieutique et/ou patrimoniale en mettant ces informations en vis-à-vis du type d’exploitation et/ou des modes de gestion de l’état des ressources ciblées. Il s’agit pour l’étudiant de rassembler une base bibliographique de connaissances sur l’espèce choisie, d’en décrire le cycle biologie et écologique et la cadre d’exploitation. 

Modalités d'évaluation :

• Examen final écrit individuel réalisé sur la base des enseignements théoriques (coef. 0.6)
• Restitution du travail de synthèse bibliographique en binôme par le biais d’un rapport écrit (coef.0.2) et d’une présentation orale (coef. 0.2) devant l’ensemble des étudiants participants à l’UC.

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : F. Nau

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Cette UC a pour objectif d'expliquer le rôle des différentes catégories d’ingrédients alimentaires, sur la base de raisonnements physico-chimiques.

Contenu de l'enseignement :

L’enseignement est majoritairement constitué de cours magistraux, tout en s’appuyant sur des exemples d’applications concrètes issues du secteur agroalimentaire. Cette orientation est particulièrement marquée (démonstration d’ingrédients et produits finis) pour les interventions faites par les professionnels du secteur industriel, ainsi que lors d’une séance de synthèse autour d’un commentaire d’étiquettes de produits alimentaires existants.
Le programme est construit autour des grandes fonctions technologiques expliquant l’utilisation des principales catégories d’ingrédients par l’industrie alimentaire :

1. De la recette traditionnelle à la formule industrielle : pourquoi les ingrédients et additifs ?
2. Les ingrédients et additifs techno-fonctionnels
   2.1. Élaborer et/ou stabiliser une texture
   2.2. Assurer la stabilité chimique et microbiologique
   2.3. Restituer et/ou renforcer le goût et la couleur
3. Synthèse : commentaire d’étiquettes de produits alimentaires

Modalités d'évaluation :

Examen individuel sur table (1h) : commentaire argumenté d’une étiquette de produit alimentaire se trouvant sur le marché.

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : A. Deglaire

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Le consommateur actuel est de plus en plus sensibilisé à l’importance de la qualité nutritionnelle des aliments sur sa santé, notamment par les médias, par les actions de prévention de santé publique, mais également par les industries agro-alimentaires qui cherchent à améliorer leurs produits.
Cependant, les différents aspects que revêt la notion de qualité nutritionnelle ne sont pas toujours bien compris. Cette UC a pour objectif d'apporter les éléments nécessaires pour mieux appréhender cette notion.

Plus précisément, ses objectifs sont de :

• Connaître les déterminants et méthodes d’évaluation de la qualité nutritionnelle des aliments
• Connaître l’impact des traitements technologiques sur la qualité nutritionnelle
• Connaître les principes fondamentaux de la réglementation sur l’étiquetage nutritionnel et les allégations
• Être capable d’émettre un avis critique sur la qualité nutritionnelle telle que présentée dans les médias

Contenu de l'enseignement :

L'enseignement de cette UC est divisé en 5 parties :

1. Évaluation de la qualité nutritionnelle des aliments
2. Impact de la structure des aliments sur leur qualité nutritionnelle
3. Composition nutritionnelle et profil nutritionnel
4. Étiquette nutritionnelle et comportement du consommateur
5. Débat autour de l’alimentation industrielle 

Modalités d'évaluation :

Analyse critique d’un documentaire (50%) + examen sur table (50%)

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : M. Jubault, F. Lecerf

Langue d'enseignement : Français

Contenu de l'enseignement :

Bioinformatique (4h de cours / 4h de TD) :

• Concept + TD : analyse moléculaire d’une région QTL par des outils de bioinformatique

Génomique fonctionnelle et structurale (16h de cours) :

• Méthodes permettant l’accès aux éléments régulateurs et acteurs de la transmission de l’information génétique (encode, épigénome, transcriptome, métabolome, organisation nucléaire)

Modalités d'évaluation :

Examen sur table

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : M. Jubault

Langue d'enseignement : Français

Contenu de l'enseignement :

• Génétique quantitative :  (6h de cours)
  Héritabilité, modèle additif, déséquilibre de liaison, diversité génétique
• Recherche de QTL par liaison et association (4h de cours / 4h de TD)
  Recherche de QTL, analyse de la structuration des populations génétiques et les outils (marqueurs moléculaires) 
• Biotechnologies végétales : (10h de cours)
  Mutagénèse classique, New Breeding Techniques, haplodiploïdisation, stérilité mâle cytoplasmique

Modalités d'évaluation :

Examen sur table

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : S. Allais

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Acquisition de connaissances et de compétences concernant l’amélioration génétique des espèces d’élevages.

Contenu de l'enseignement :

 L'enseignement est composé de 4 parties :

1. Les bases de la génétique quantitative
2. L’évaluation génétique et le progrès génétique
3. L'organisation de la sélection et le croisement
4. La sélection génomique

L’acquisition des connaissances théoriques est complétée par un TD (6h) permettant aux étudiants de prendre le rôle d’un éleveur sélectionneur de bovins allaitants. Une rencontre avec des professionnels est également prévue. 

Modalités d'évaluation :

Examen sur table

Volume horaire : 16.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : D. Michot, Y. Fouad

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Acquisition des bases fondamentales en réglementation, management et outils de diagnostic environnemental des entreprises et ou des filières agricoles.

Contenu de l'enseignement :

• Introduction générale aux écotechnologies
• Droit de l’environnement et présentation des ICPE
• Management environnemental (exemple de la Norme ISO 14001)
• Méthodes d'évaluation des performances environnementales :
  1) Water Footprint
  2) Analyse du Cycle de Vie (ACV)
  3) Bilan Carbone © 

Modalités d'évaluation :

Examen écrit + synthèse bibliographique courte 

Volume horaire : 24.00 heures

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Acquérir les leviers pour réduire les impacts environnementaux des activités humaines, agricoles ou non.

Contenu de l'enseignement :

L'enseignement est organisé selon 2 axes. Le premier sera dédié à la gestion des déchets et le deuxième sera en relation avec la maîtrise de la demande énergétique. 

Axe 1 : Gestion des déchets (12h) :

• Les déchets : flux, principales caractéristiques, filières et impacts
• Le processus de compostage
• Le vermicompostage : Une méthode innovante et biologique de traitement des effluents
• La méthanisation une valorisation énergétique et organique des déchets
• Recyclage et valorisation des boues de station d’épurations

Axe 2 : Emission des GES - Energies renouvelables et transition énergétique (12h)

• Effet de serre : bases physiques
• Processus d’émission des GES : sols et écosystèmes
• Emission des GES : bâtiments d’élevage
• Bilan des GES
• Energies renouvelables et transition énergétique

Visite d’une unité de méthanisation et d’un parc éolien (8h) 

Modalités d'évaluation :

Examen écrit + synthèse bibliographique courte 

Volume horaire : 50.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : C. Largouët, M. Emily

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

• Etre capable d’écrire, d’exécuter et de debugguer les algorithmes classiques en langage Python
• Maîtriser le logiciel R pour la représentation de variables statistiques.

Contenu de l'enseignement :

Après une prise en main des fondamentaux du langage Python, les outils spécifiques à la programmation scientifique sont présentés et mis en œuvre dans l’implémentation d’algorithmes classiques.

• Les bases générales du langage Python
• Librairies scientifiques pour le calcul numériques (numpy et scipy) et la visualisation numérique
• Concepts objets en Python

Dans une seconde partie, des aspects de programmation avec le logiciel R seront abordés. Les thèmes suivants seront principalement traités :

• Introduction/Rappel sur le logiciel R
• Programmation fonctionnelle avec R
• Introduction à la programmation objet avec R 

Modalités d'évaluation :

Évaluation sur projets encadrés

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : A. Ridier, S. Duvaleix-Treguer

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

• Acquérir une culture générale (découverte) sur les grandes caractéristiques des principales filières agricoles en France
• Acquérir une grille d’analyse de l’organisation/fonctionnement des filières. Comprendre les relations verticales entre les maillons des filières
• Comparer des filières entre elles (rôle de organisations de producteurs/coopératives, des interprofessions, …).
• Évaluer les conséquences d’un cahier des charges-filière sur le fonctionnement technico- économique d’une exploitation à l’aide d’un outil de simulation économique

Contenu de l'enseignement :

L’enjeu de cette UC est de mobiliser des informations techniques et économiques pour analyser les arbitrages technico-économique de l’exploitation agricole engagée dans un projet de filière-qualité (arbitrage entre ateliers et/ou entre productions) . Il s’agit de construire un outil d’aide à la décision permettant d’évaluer les conséquences d’un cahier des charges entre industriel et agriculteur)

Exemples d’études de cas :

• Étude du cahier des charges de la filière Bleu Blanc Cœur pour les producteurs laitiers et l’entreprise laitière
• Étude du cahier des charges de la filière blé dur de qualité pour les agriculteurs et les industriels

Modalités d'évaluation :

Dossier + examen écrit

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : A. Ridier, S. Duvaleix-Treguer

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

• Interpréter les résultats économiques et financiers d’une entreprise et les resituer dans le contexte professionnel et sectoriel.
• Réaliser un diagnostic économique et financier de l’entreprise à partir des données disponibles (données comptables, techniques, législatifs, enquêtes, articles de presse, …) et comparer les résultats à des références sectorielles

Contenu de l'enseignement :

L’enjeu de cette UC est d’acquérir les méthodes d’élaboration du diagnostic financier de l’entreprise, à partir des principaux supports de l’analyse financière (documents comptables financiers, connaissance de l’entreprise dans son environnement, connaissance des critères des professionnels). Le cours s’appuie sur des études de cas d’entreprises du secteur agroalimentaire et sur le cas de l’exploitation agricole.

Forme pédagogique :

• Cours + TD : environ 28h
• Visites : 4h
• Intervenants : 4h
• Projet sur étude de cas : environ 16h
• Terrain : entreprises agricoles et agroalimentaires

Modalités d'évaluation :

Dossier + examen écrit

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : A.-L. Jacquot

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

• Acquérir et mettre en application les bases des principes de l'agroécologie et de l'écologie industrielle aux spécificités des filières de productions animales
• Assimiler et mobiliser à différentes échelles (atelier, élevage, filière, territoire) :
  1/ des méthodes d’évaluation courantes,
  2/ des démarches de mise en place de pratiques relevant de l'agroécologie ou de l’écologie industrielle

Contenu de l'enseignement :

L’enjeu de cette UC est de :

1. resituer les exploitations agricoles au sein des territoires et filières et de comprendre leur fonctionnement ;
2. développer une démarche d’analyse des systèmes étudiés afin d’identifier des pratiques relevant de l’agroécologie et de l’écologie industrielle, de mettre en place de nouvelles pratiques et de les évaluer.

Elle s’appuie sur des apports théoriques disciplinaires visant à définir et illustrer l’agroécologie et l’écologie industrielle dans les productions animales mais aussi des apports méthodologiques.
Ces apports permettront ensuite une mise en situation (illustrations par des cas d’études et mise en place de pratiques relevant de l’agroécologie et de l’écologie industrielle).

Modalités d'évaluation :

Projet avec présentation orale + examen écrit

Volume horaire : 26.00 heures

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L’objectif est bien de comprendre comment fonctionne un stock exploité, quel est l’impact de la pêche et sur quels principes baser la gestion des stocks halieutiques. 

Contenu de l'enseignement :

Le cours théorique est complété par des Travaux Dirigés (TD) qui permettent aux étudiants de manipuler les concepts et méthodes au travers d'études de cas et de l'utilisation de logiciels de simulation.

Cours :

• Notions de stock, effort, puissance de pêche. Relations instantanées
• Relations exploitation / abondance/productivité biologique : introduction aux modèles globaux
• Relations diagramme d'exploitation / structures démographiques / productivité : introduction à l'approche structurale
• Relations stocks / recrutement : approche dite « de précaution ».
• Analyse des cohortes et gestion au Rendement maximum durable (RDM)

TD :

• Gérer une pêcherie

Les modèles usuels sont ici présentés en tant que formalisation mathématique des mécanismes fonctionnels intervenant au sein des populations exploitées.

Modalités d'évaluation :

• Examen (sur liste de sujets prédéterminés) : 50%
• Contrôle continue (rendus de TD + exposé) : 50%

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : F. Baron

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Donner aux étudiants les bases de la microbiologie alimentaire et les former à l’analyse microbiologique en agro-alimentaire.

Contenu de l'enseignement :

Cours (12h) :

• Principes des analyses microbiologiques des aliments et des surfaces et matériels entrant en contact avec l’aliment lors de sa préparation, le cadre réglementaire de ces analyses, leurs interprétations, leurs rôles en industries agroalimentaires pour garantir la sécurité sanitaire et améliorer la qualité des aliments. 
• Lien entre les analyses microbiologiques, la qualité microbiologique des aliments, la réglementation et les différents normes et référentiels de qualité sanitaire des aliments.
• Outils qualité (résolution de problème, diagramme d’Ishikawa, audit, etc…)

TD (12h) :

• Analyses microbiologiques d’aliments et de surfaces par des méthodes de références et des techniques rapides. Ils seront amenés à interpréter les résultats pour savoir si l’aliment est d’une qualité satisfaisante et s’il respecte la réglementation en vigueur.
• Validation du nettoyage et désinfection des surfaces par le contrôle microbiologique

Modalités d'évaluation :

Évaluation écrite finale (1h)

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : S. Gouin

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L’objectif de cet UC est de donner, dans une première partie, les grandes bases du marketing agroalimentaire.

Contenu de l'enseignement :

Cours (24h) :

• Évolution du marketing agro-alimentaire, les concepts, démarche et outils
• Marketing stratégique : segmentation, ciblage et positionnement
• Marketing opérationnel : politiques de produit, de prix, de distribution et de communication
• Étude de cas d’application

Modalités d'évaluation :

Contrôle écrit (1h)

Volume horaire : 48.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : J.-M. Fraslin

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Cette UC doit permettre aux étudiants d’appréhender différentes méthodologies expérimentales en biologie : culture cellulaire, clonage, quantification de l’expression de gènes, etc. Le choix de ces méthodes s’est porté sur leur universalité : ces approches sont applicables dans différents champs disciplinaires et thématiques, fondamentaux et appliqués. 

Contenu de l'enseignement :

Cours (10h) :

• Concepts théoriques et applications en recherche fondamentales et appliquées (méthodes de sous- ou sur-expression de gènes, modèles in-vivo, ex-vivo, applications) 

Travaux Pratiques (38h) :

• Clonage de gène, Culture cellulaire (eucaryote), Transfert de gène, RTPCRq

NB : Les TP utilisant des cellules vivantes, les étudiants sont informés du fait qu’ils devront parfois travailler en dehors des heures à l’emploi du temps. 

Modalités d'évaluation :

50 % Bonnes pratiques de laboratoire + 50 % Analyse d’articles et rédaction (sous forme de projet) de parties d’articles scientifiques à partir des données expérimentales.

Volume horaire : 50.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : L. Montagne, M. Kouba

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

• Comprendre le fonctionnement des ateliers « animaux » au sein d’une exploitation agricole, en lien avec les spécificités physiologiques des espèces d’intérêts
• Analyser et faire un diagnostic du fonctionnement de ces ateliers, afin de proposer des pistes d’évolution

Contenu de l'enseignement :

Les enseignements présentent des outils de gestion de l’information en élevage, de diagnostic et de conseil. Les données issues d’ateliers seront analysées lors de séances de travaux dirigés et permettront d’établir un diagnostic du fonctionnement de ces ateliers.
L’enseignement est organisé par type d’atelier d’élevages : bovins laitiers, bovins allaitants, porcs, volailles (chair et pondeuses)…
Les principes et bases théoriques sont abordés sous forme de cours et/ou de ressources en ligne.
Une ou plusieurs visites d’élevage viendront illustrer ces approches. Des études de cas appuieront les concepts développés dans le module.

Modalités d'évaluation :

Examen écrit individuel (2 h)