Agenda
À la une

Soutenance de thèse de Pierrick Haffray

Salle des thèses, Université Rennes 1

Amélioration d'un programme de sélection massale sur la croissance chez la truite arc-en-ciel par introduction d'une sélection BLUP pour des caractères de qualités grâce aux empreintes génétiques

Thèse dirigée par Pascale Le Roy, UMR Pegase

Résumé

La sélection aquacole française reposait sur le transfert d’une méthode de sélection massale originale sur la vitesse de croissance adaptée à la taille limitée des entreprises de sélection françaises et élaborée par l’INRA, la méthode PROSPER. L’intégration de caractères de mesure létale sur collatéraux impliquait l’accès au pédigrée des collatéraux et des candidats mais aussi un élevage couteux et parfois imprécis des chaque famille séparément jusqu’à ce que les différentes familles puissent être marquées et regroupées dans une même unité d’élevage. L’arrivée récente des empreintes génétiques offre des possibilités nouvelles et originales d’adaptation des programmes de sélection, parmi lesquelles l’intégration d’une sélection sur collatéraux en sélection massale, cette méthode pouvant peut être permettre des gains rapides et à coûts vraisemblablement limités. La validation de ce nouveau mode de sélection suppose au préalable l’estimation des paramètres génétiques en familles mélangées et de l’importance des effets maternels non-génétiques, l’estimation de la précision des valeurs génétiques obtenues dans ce nouveau type de dispositif et l’étude des biais potentiels à utiliser des collatéraux pré-sélectionnés. Le développement de prédicteurs des caractères d’intérêt de mesures non létales constitue aussi une alternative pouvant permettre une pré-sélection efficace et peu couteuse.

Ce travail réalise la première estimation des paramètres génétiques des caractères de production (poids, rendements de découpe) et de qualité de la chair (teneur en lipides, couleur de la chair) en familles mélangées identifiés par empreintes génétique en lignée commerciale de truite arc-en-ciel.  Les principales questions posées étaient initialement : Peut-on estimer des paramètres génétiques de qualité en familles mélangées ? Quel est l’importance de l’effet maternel de différence de taille à l’éclosion sur la perte d’efficacité de sélection ? Peut-on prédire sur les candidats différents rendements de découpe ou la teneur en lipides du filet sans les tuer et quel progrès peut-on attendre ? La précision des valeurs génétiques estimées en familles mélangées est-elle suffisante pour développer des programmes de sélection compétitifs ? Quel est l’importance du biais à utiliser des collatéraux présélectionnes pour réduire les coûts de la sélection en évitant l’élevage d’un lot dédié de collatéraux non-triés ?

Les principaux résultats sont que :
•    L’absence de prise en compte des effets maternels non-génétiques de différence de tailles d’œufs entre les mères réduit le progrès attendu sur la vitesse de croissance estimée à 50-60 g de l’ordre de 50 %
•    que la structure des données générée par les plans de croisements factoriels permet d’estimer de paramètres génétiques des principaux caractères investigués et d’obtenir des précisions des valeurs génétiques intermédiaires à plutôt élevées (0,6-0,8) par rapport à des plans de croisement en systèmes d’évaluation en familles initialement séparées
•    qu’il est possible de prédire les rendements de découpe des candidats à partir de mesures ultrasoniques rapides et simples et qu’une sélection, sur ces prédicteurs s’avèrerait plus efficace qu’une sélection sur collatéraux
•    qu’une estimation de valeur génétique à partir de collatéraux présélectionnés sur la croissance par sélection massale s’avère possible pour réduire les frais d’élevage mais serait moins efficace qu’une indexation à partir de collatéraux non pré-sélectionnés.

La thèse apporte donc un ensemble d’informations permettant aux entreprises de sélection d’introduire une sélection sur collatéraux sur des caractères de découpe ou de qualité de la chair dans des programmes de sélection massale sur la croissance.  Des avancées importantes ont été obtenues dans la validation de l’utilisation de prédicteurs par ultrasons de rendements de découpe ainsi que dans les possibilités d’optimisation de ce type de programme de sélection n’impliquant pas d’investissement initial important dans des infrastructures d’élevages familiaux.