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Soutenance de thèse de Diana Lopezarias

Salle du Conseil, campus d'Angers

Génétique et génomique de la résistance à la maladie des taches noires chez le rosier de jardin

Thèse dirigée par Fabrice Foucher, UMR Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS)

Résumé

La maladie des taches noires (TN, causée par Diplocarpon rosae) représente une menace majeure pour la filière des rosiers de jardin. En effet, avec la réduction voire l’interdiction de l'utilisation de produits phytosanitaires et la demande croissante de rosiers résistants, il est essentiel d'étudier les mécanismes de résistance à la cette maladie. Jusqu'à présent, les recherches se sont principalement concentrées sur l'étude des gènes majeurs (gènes Rdr) mais ce type de résistance est connu pour être moins durable. Une résistance partielle à la TN a été décrite chez les génotypes associés à Rosa wichurana dont la ségrégation quantitative est mal connue. Cette thèse a permis d’étudier les bases génétiques et moléculaires de la résistance partielle de Rosa x wichurana (RW) à la TN. Tout d'abord, il a été montré que la résistance partielle de ce génotype est principalement contrôlée par deux loci quantitatifs (QTL) situés sur les groupes de liaison B3 et B5 ; les intervalles de confiance de ces QTL ont été réduit à 10cM en utilisant une approche de méta-analyse sur trois populations interconnectées. Les QTL en B3 semblent affecter la pénétrance et la sévérité de la maladie alors que les QTL en B5 n'affectent que la pénétrance. La résistance à la TN chez RW dépend aussi de l'âge de la feuille. Par une approche histologique, un dépôt de callose autour du point de pénétration du pathogène a été observé sur les feuilles jeunes et vieilles mais une réponse rapide d’hypersensibilité (HR) n'a été observée que sur les vieilles feuilles. Une étude transcriptomique a permis de caractériser la réponse de RW : dans un premier temps, une réponse rapide de type PTI (immunité basale) conduit à l'activation de gènes impliqués dans le dépôt de callose, puis une réponse ETI (immunité déclenchée par des effecteurs) conduit à une HR. Au contraire, la réponse PTI du génotype sensible Rosa chinensis 'Old Blush' (OB) est inhibée aux premiers stades de l'infection et une ETI partielle se met en place, impliquant probablement une reconnaissance spécifique d’effecteurs fongiques. Cette étude nous a permis de caractériser finement l'interaction entre D. rosae et un génotype sensible (OB) d’une part, et un génotype résistant (RW) d’autre part, ce qui ouvre la voie au clonage de gènes et à la sélection assistée par marqueurs.

Mots clés : Maladie des taches noires, Diplocarpon rosae, Rosa, résistance partielle, QTL, RNAseq.