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Soutenance de thèse d'Ahmed Taibi

Microbiote de la mangue de l'arbre à l'assiette : nouveau critère pour une transformation sure et durable ?

Thèse dirigée par Sylvie Lortal, UMR Science & technologie du lait & de l'œuf (STLO)

Résumé

Les micro-organismes font partie intégrante de la composition des fruits. La structure et les variations des communautés microbiennes à la surface des fruits (épiphytes) peuvent avoir des conséquences drastiques sur la qualité du fruit frais, sa durée de vie post-récolte, et après transformation sur la sûreté du produit fini. Cependant, notre compréhension actuelle de la structure et des fonctions du microbiote des fruits est encore partielle. Jusqu'à présent, l'exploration du microbiote à la surface des fruits avait essentiellement pour but de détecter des pathogènes qui représentent un risque sanitaire, sans tenir compte des communautés microbiennes associées et des facteurs environnementaux qui les impactent. Mes travaux de thèse ont pour but d’explorer la composition des communautés microbiennes (bactériennes et fongiques) présentes à la surface de la mangue, ainsi que leur évolution quantitative et qualitative le long du continuum : Production-Stockage-Transformation. Une première analyse a permis d’étudier la structure et les variations des communautés microbiennes sur l’arbre en relation avec les facteurs biotiques et abiotiques. Dans un deuxième temps, l’évolution du microbiome de la mangue au cours de la conservation et de la transformation post-récolte (séchage et 4ème gamme) a été étudiée. En intégrant les données de métabarcoding (séquençage à haut débit), de dénombrement microbien et les paramètres physico-chimiques des mangues ainsi que les données climatiques, cette approche a permis d'identifier des facteurs clés impactant l'écosystème microbien associé à la mangue et de suivre les flux microbiens jusqu'au produit fini. Ainsi les principaux facteurs structurant les communautés microbiennes sur l’arbre sont (par ordre décroissant d’importance) : le terroir, le cultivar, la date de récolte, le stade de maturité, la saisonnalité, et la progression dans la saison. Également, les conditions de stockage (durée et température) et le procédé de transformation choisis sélectionnent certains taxons microbiens et réduisent la diversité microbienne associée.  
Les variations observées sont dépendantes du stade de maturité du fruit à la récolte.  Les résultats obtenus au cours de ma thèse nous permettent de mieux comprendre l'écosystème microbien global des fruits (tempérés ou tropicaux), et les données générées pourront être utilisées dans une approche intégrée pour limiter les pertes et contrôler les maladies post-récolte des fruits, notamment par l'utilisation de méthodes de conservation et de transformations adaptées.