AGROCAMPUS OUEST compte un secrétariat général, regroupant l'ensemble des services d'appui, et cinq directions aux missions transversales :

• la direction des formations et de la vie étudiante (directrice : Caroline LELAIDIER)
• la direction scientifique (directeur : Pierre-Guy MARNET)
• la direction des relations internationales (directrice : Joëlle CHANCEREL)
• la direction des partenariats professionnels (directeur : Cédric TROADEC)
• la direction de la communication (directrice : Bénédicte VILLEROY de GALHAU)

Les équipes de ces directions sont présentes sur les campus d'Angers et de Rennes.

Le secrétaire général et les directeurs transversaux participent à la gouvernance d'AGROCAMPUS OUEST en tant que membres du directoire.

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