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Site institutionnel d'Agrocampus OuestAGROCAMPUS OUEST

Institut supérieur des sciences agronomiques, agroalimentaires, horticoles et du paysage

Julie Bourbeillon

Julie BourbeillonMaître de Conférences Informatique
AGROCAMPUS OUEST Centre d'Angers
2, rue André le Nôtre
49045 Angers Cedex 01 France
tél : +33 (0)2 41 22 54 15
fax : +33 (0)2 41 22 54 13
julie.bourbeillon@agrocampus-ouest.fr
http://www.jbourbeillon.info 

Activités d'enseignement

Dans le cadre de mes activités d'enseignement, j'interviens en Licence 1 et 3 des cursus angevins pour les Unités d'enseignement suivantes :

  • Licence 1
    Informatique et bureautique
  • Licence 3I
    Programmation
    Bases de données et Systèmes d'Information
  • Licence 3A
    Informatique

Les supports de cours correspondants sont mis à disposition des étudiants sur la plateforme Moodle de l'établissement (authentification requise)

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Thèmes de recherche

Une tendance notable de la recherche biomédicale est l'accroissement de l'échelle à laquelle sont réalisées les études. Celle-ci résulte de l'émergence de techniques expérimentales à haut débit et d'une augmentation du volume de données disponibles au sein de banques de données publiques ou mutualisées. Une difficulté complémentaire réside dans l'hétérogénéité tout à la fois des sources d'information (banques de données multiples et distantes aux formats et interfaces hétérogènes, fichiers aux formats variés, etc) et des données (multiples échelles : de la population à la molécule ; multiples natures : quantitative ou qualitative ; multiples modes :  texte ou image ; multiples niveaux de structuration : champs de base de données, structuration par balises, texte libre).

Il apparaît ainsi un besoin croissant d'accompagnement informatisé des activités de recherche, de la conception de l'expérience à la représentation et gestion des données générées, à l'exploitation de l'information disponible. Cet accompagnement doit être envisagé à destination d'experts du domaine mais novices en informatique, ce qui suggère un niveau d'abstraction élevé. Mes travaux de recherche s'inscrivent dans ce contexte et explorent des approches pluri-disciplinaires permettant de faciliter l'acquisition et l'exploitation de l'information scientifique.

De manière schématique, la recherche scientifique dans des domaines tels que la biologie ou la médecine, où la démarche est très empirique, se base souvent sur une méthode hypothético-déductive incluant trois temps forts : l'identification d'une question à étudier, la formulation d'hypothèses dans le cadre de cette question et l'argumentation permettant d'accepter ou rejeter les hypothèses. Cette argumentation se base généralement sur des expériences conçues en fonction de l'hypothèse à tester. Les données expérimentales sont alors analysées afin de supporter une prise de décision concernant l'hypothèse testée.

Les progrès technologiques des vingt dernières années ont conduit à une mutation du processus expérimental classique. Ainsi l'étape expérimentale connaît une robotisation croissante, qui permet tout à la fois d'automatiser les manipulations et de réaliser des traitements en masse d'échantillons de plus en plus miniaturisés. On peut citer par exemple la technologie des Tissue MicroArrays, abordée dans le cadre de ma thèse, les Protein MicroArrays, un des champs applicatifs de mes travaux de post-doc, ou la technologie AlphaScreen couplée à un robot de préparation, autour de laquelle je collabore avec l'unité INSERM 889.     

Cette robotisation et cette miniaturisation des échantillons impactent les étapes encadrant la conduite de l'expérience en tant que telle. La conception de l'expérience doit s'envisager comme une parallélisation ou un multiplexage des expériences telles qu'elles étaient réalisées préalablement, auxquels s'ajoutent des difficultés techniques complémentaires liées à la taille des échantillons. De plus, ces techniques impliquent une augmentation du coût en temps et en matériel des expériences. La réutilisation des données d'autres équipes ou d'expériences précédentes dans un nouveau cadre se généralisent. Le stockage informatisé de ces données et leur mise à disposition sur internet au sein de banques de données publiques démultiplie alors le volume de données disponible dans le cadre du test d'une hypothèse donnée. Ceci rend problématique l'analyse des données, qui nécessite la mise en place d'approches spécifiques, de plus en plus informatisées.

Dans ce contexte, un ensemble de problèmes (gestion des expériences, intégration des données, sélection des données, interprétation des résultats) se posent à la communauté scientifique. Mon projet de recherche vise alors proposer des solutions à ces problèmes, tout en essayant de faciliter l'acceptation de celles-ci par les chercheurs du domaine biomédical. L'objectif est d'explorer des approches innovantes dédiées à l'accompagnement de l'ensemble du processus expérimental, à destination des scientifiques non informaticiens.

Les divers projets dans lesquels je suis ou me suis impliquée ciblent ces divers problèmes :

  • Gestion des expériences : développement et mise en place de PyLIMS, système de gestion de laboratoire, en collaboration avec l'unité INSERM 889
  • Informatisation de l'information biomédicale : mise en place d'une ontologie et services Web pour le projet Européen ProteomeBinders
  • Sélection des données et interprétation des résultats : système de synthèse d'information développé dans le cadre de ma thèse

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Publications

 Journaux Internationaux

  • Gloriam D.E., Orchard S., Bertinetti D., Björling E., Bongcam-Rudloff E., Borrebaeck C.A.,Bourbeillon J., Bradbury A.R., de Daruvar A., Dübel S., Frank R., Gibson T.J., Gold L., Haslam N., Herberg F.W., Hiltke T., Hoheisel J.D., Kerrien S., Koegl M., Konthur Z., Korn B., Landegren U., Montecchi-Palazzi L., Palcy S., Rodriguez H., Schweinsberg S., Sievert V., Stoevesandt O., Taussig M.J., Ueffing M., Uhlén M., van der Maarel S., Wingren C., Woollard P., Sherman D.J., Hermjakob H. A community standard format for the representation of protein affinity reagents. Molecular & cellular proteomics, 9(1):1-10, 2010.
  • Bourbeillon J., Giroud F., Garbay C. Mass data exploration in oncology: an information synthesis approach. Journal of Biomedical Informatics, 42(4):612-623, 2009.  

Journaux Nationaux

  • Bourbeillon J., Garbay C., Giroud F. Une perspective analytique pour la recherche d'information. Application : conception et évaluation de Tissue Microarrays. Revue ISI - Ingénierie des Systèmes d'Information, Numéro spécial Systèmes d'Information Spécialisés, 11(5):109-135, 2006.

Actes de Conférences Internationales

  • Bourbeillon J.,  Garbay C., Simony-Lafontaine J., Giroud F. Multimedia Data Management To Assist Tissue MicroArrays Design. In: Silvia Miksch, Jim Hunter, Elpida Keravnou (Eds.): Artificial Intelligence in Medicine. Proceedings of the 10th Conference on Artificial Intelligence in Medicine, AIME 05. Aberdeen, Scotland. July 23 - 27, 2005.
  • Giroud F., Simony-Lafontaine J., Montmasson M.-P., Heus R., Bourbeillon J., Garbay C. The TMAs-Explorer Platform: an integrated tool including a virtual TMA concept. In: Abstract Book of the 7th European Congress on Virtual Microscopy and 1st International Congress on Virtual Microscopy.Poznan, Poland. July 8 - 11, 2004.

Actes de Conférences Nationales

  • Bourbeillon J.,  Garbay C., Giroud F.Génération de documents multimédia adaptatifs dans une perspective analytique. In: Actes de la conférence INFORSID 05. Grenoble, France. May 24 - 27, 2005.                
  • Bourbeillon J.,  Garbay C., Giroud F. Gestion de connaissances et de données dans l'aide à la conception de Tissue Microarrays. RNTI E5 - Extraction des connaissances : Etat et perspectives. Rédacteurs invités : Florence Cloppet, J-Marc Petit, Nicole Vincent. Paris, France. January 18, 2005.

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