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Site institutionnel d'Agrocampus OuestAGROCAMPUS OUEST

Institut supérieur des sciences agronomiques, agroalimentaires, horticoles et du paysage

Michel Gautier

Michel GautierDépartement Productions Animales AgroAlimentaire et Nutrition (P3AN)
AGROCAMPUS OUEST
65, rue de Saint-Brieuc
CS 84215
F-35042 Rennes Cedex France


tél : +33 (0)2 23 48 55 82
mobile : 06 86 70 77 87
fax : +33 (0)2 23 48 55 78
michel.gautier@agrocampus-ouest.fr

Responsable du laboratoire de microbiologie d'AGROCAMPUS OUEST
Directeur adjoint du département P3AN

Responsable de la valorisation de la recherche
Activités de recherche
Activités d'expertises et dans le secteur privé
Publications scientifiques et valorisation

Obtenu à l'université de RENNES 1, mon doctorat portait sur "l'amélioration de la résistance aux bactériophages des lactocoques par les techniques du génie génétique". Ce travail a été effectué dans le laboratoire de microbiologie dirigé par Alain et Marie-Christine CHOPIN, à l'époque un laboratoire INRA orienté sur la mise au point d'outils de biologie moléculaire permettant l'étude et l'amélioration génétique de lactococcus lactis.

Entré en tant qu'enseignant-chercheur à Agrocampus (alors l’ENSA) durant ce travail de thèse, je suis professeur dans ce même établissement depuis 1997.
Mes principales responsabilités sont la direction du laboratoire de microbiologie d'AGROCAMPUS OUEST depuis 2000, celle de la valorisation de la recherche à AGROCAMPUS OUEST depuis 2005 et la direction, depuis 2013 et en tant qu’adjoint, du département P3AN (Productions Animales, AgroAlimentaire et Nutrition)

Le laboratoire de microbiologie qui regroupe en moyenne 10 personnes, est chargé de l'enseignement de la microbiologie sur AGROCAMPUS OUEST.
Nous dispensons à ce titre un enseignement de microbiologie générale et des enseignements plus spécialisés : la biologie moléculaire appliquée aux bactéries, l'hygiène alimentaire, les fermentations microbiennes (aliments fermentés et production de molécules en fermenteur).

Nous organisons aussi de nombreuses sessions de formation continue : formation de base à la biologie moléculaire, la technique de PCR en temps réel, l'hygiène alimentaire. Chaque session a lieu une ou deux fois par an et est destinée aux professionnels de l'agroalimentaire (industriels, services vétérinaires) mais aussi aux chercheurs.

Ce laboratoire copilote également avec l’Université de Rennes 1 le master MFA (Microbiologie Fondamentale et Appliquée).

Responsable de la valorisation de la recherche

L’objectif de l’activité valorisation de la recherche est essentiellement la détection de résultats de recherche pouvant être valorisés d'un point de vue économique (création de brevets, de licences et de nouvelles entreprises et propositions d'offres technologiques). Rencontrer les scientifiques afin de leur proposer des outils permettant de valoriser leur recherche constitue une partie importante de mon travail.
Une autre action essentielle consiste à intervenir en amont afin d'intégrer la valorisation le plus tôt possible dans l'élaboration des contrats de recherche.
Nous accueillons aussi de jeunes entreprises : 5 sont actuellement hébergées sur le campus et sont pour la plupart orientées vers l'agroalimentaire.

Enfin, je suis chargé de promouvoir l'expertise des enseignants-chercheurs pour permettre une valorisation de leurs savoir-faire et de leurs compétences, extrêmement diversifiés : à chaque enseignant-chercheur correspond un domaine d'expertise qui lui est propre. Dans le cadre de cette activité, je fais partie du conseil d’administration de la technopole RENNES ATALANTE, du conseil d’orientation de l’incubateur EMERGYS et du comité de labellisation du pôle de compétitivité VALORIAL.

Activités de recherche

Mes activités de recherche concernent la microbiologie des aliments. Pendant une quinzaine d'années, j'ai travaillé sur des bactéries utilisées en tant que levain dans l'industrie laitière et fromagère (lactococcus lactis, propionibacterium sp.). Mon travail portait essentiellement sur l'utilisation de la biologie moléculaire en vue d'identifier les micro-organismes ou de développer des outils génétiques permettant leur amélioration.
Depuis 10 ans, suite à la réorientation de certaines priorités de l'INRA, mon activité se porte sur l'étude des bactéries pathogènes des aliments, nous travaillons actuellement sur le comportement des bactéries pathogènes dans les ovoproduits. 
Ces activités sont menées en collaboration avec Florence Baron  et Sophie Jan, deux collègues microbiologistes.
Nos thèmes de recherche se déclinent actuellement en deux axes : le premier concerne l’étude de l’activité anti-microbienne du blanc d’œuf de poule. Le blanc d’œuf présente un large spectre d’activités bactériostatiques et bactéricides que nous souhaitons élucider. Les résultats de ces travaux devraient contribuer à la compréhension des interactions entre la matrice et les micro-organismes et des mécanismes fondamentaux de destruction des micro-organismes. Ils devraient permettre d’envisager une meilleure exploitation du pouvoir d’auto-défense du blanc d’œuf. Le second axe concerne la maîtrise et l’amélioration de l’hygiène des ovoproduits. Nous étudions l’influence des procédés technologiques et des pratiques d’élevage sur la flore des œufs et des ovoproduits. Le but est de proposer des moyens de maîtrise par le produit, le procédé ou l’amont.

Actuellement, nous concentrons nos efforts sur la maîtrise des bactéries du groupe Bacillus cereus dans cette filière puisque ces bactéries sporulées peuvent être à l’origine de problèmes sanitaires et/ou économiques. En effet, certaines souches de ce groupe produisent des toxines dans les aliments et/ou dans l’intestin, qui peuvent être à l’origine, respectivement, de vomissements ou de diarrhées. Elles présentent aussi un large spectre d’activités enzymatiques qui peuvent provoquer l’altération des ovoproduits, y compris à faible température dans le cas où des souches psychotrophes sont mises en jeu. Nous essayons donc d’acquérir des connaissances sur le niveau de contamination des œufs, les espèces rencontrées, leur capacité à germer, à se développer et à produire des toxines dans les ovoproduits à différentes températures. L’objectif est de proposer des moyens pertinents de contrôle, la maîtrise de ce risque étant un enjeu compétitif important pour les industriels producteurs d’ovoproduits.

Activités d’expertises et activités dans le secteur privé

J'ai été à l'origine d'une entreprise (GeneSystems) orientée sur le développement d’un appareil de PCR en temps réel utilisable en milieu industriel et permettant le dénombrement et l'identification des micro-organismes dans les environnements complexes (eau, aliment, etc.). A ce titre, j'ai appartenu au directoire de cette entreprise de la date de sa création (2000) jusqu’en 2004. J'ai ensuite accompagné son développement jusqu'à 2006. Fin 2008, GeneSystems (une vingtaine de salariés dont les ¾ sont scientifiques, ingénieurs ou doctorants), a été acquise par le groupe américain PALL. 

J'interviens aussi dans des expertises concernant les crédits impôts recherches. Mandaté par la DGER, j’expertise, à la demande du ministère des Finances, les dossiers de demande de crédit impôt recherche de plusieurs entreprises agroalimentaires.

Depuis 2009, une autre activité d'expertise, importante en termes de temps, est celle effectuée dans le groupe de travail  biotechnologie (OGM) de l'ANSES. Mes expertises portent essentiellement sur les microorganismes modifiés génétiquement et plus particulièrement sur les constructions génétiques.
Depuis 2012, je suis aussi expert dans le comité d’expertise BIORISK de l’ANSES où je mets à profit mes connaissances sur la sécurité sanitaire des aliments.
Enfin depuis 2011, je suis expert judiciaire probatoire à la cour d’appel de Rennes.

Publications scientifiques et valorisation

Articles publiés dans des revues à comités de lecteurs internationaux

GAUTIER M., CHOPIN M.C. (1987), Plasmid-determined Restriction. Modification systems and abortive infection in Streptococcus cremoris. Appl. Environ. Microbiol., 53, 923-927.

BLANCHARD A., GAUTIER M., MAYAU V. (1991), Detection and identification of mycoplasmas by ampligication of  rDNA. FEMS microbiol. lett., 81, 37-42.

GAUTIER M., MOUCHEL N., ROUAULT A., SANSEAU P. (1992), Determination of genome size of four species of Propionibacterium Pulsed-field Gel Electrophoresis. Lait, 72, 421-426.

GAUTIER M., ROUAULT A., LORTAL S., LE LOIR Y. (1992), Characterization of a phage infecting Propionibacterium freudenreichii. Lait, 72, 431-435.

BIDNENKO E.B., VALGASEVI R., CLUZEL P.J., PARREIRO R., MILLIER A., GAUTIER M., ANBA J., ERLICH S.D., CHOPIN M.C. (1993), Amélioration de la résistance des lactocoques aux bactériophages. Lait, 73, 199-205.

GAUTIER M., LORTAL S., BOYAVAL P., GIRARD F., LEMEE R., DE CARVALHO A.F., DUPUIS C. (1993), Les bactéries propioniques laitières, Lait, 73, 257-263.

GAUTIER M., ROUAULT A., MEJEAN S., MAUBOIS J.L. (1994), Partition of Lactococcus lactis bacteriophage during the concentration of micellar casein by tangential 0,1 µm pore size microfiltration. Lait, 74, 419-423.

CARVALHO A.F., GAUTIER M., GRIMONT F. (1994), Identification of dairy Propionibacterium species by  rRNA gene restriction patterns. Res. Microbiol., 145, 667-676.

CARVALHO A.F., GUEZENNEC S., GAUTIER M., GRIMONT P.A.D. (1995), Reclassification of  « Propionibacterium rubrum » as P.jensenii. Res. Microbiol., 146, 51-58.

GAUTIER M., ROUAULT A., LEMEE R. (1995), Electrotransfection of Propionibacterium freudenreichii TL 110. Letters App. Microbiol., 20, 125-129.

GAUTIER M., ROUAULT A., SOMMER P., BRIANDET R. (1995), Occurrence of Propionibacterium freudenreichii bacteriophages in Swiss Cheese. App. Environn. Microbiol, 61, 2572-2576.

GAUTIER M., DE CARVALHO A.F., ROUAULT A. (1995), DNA fingerprinting of dairy propionibacteria strains by Pushed-Field Gel Electrophoresis. Curr. Microbiol. 32, 17-24.

GAUTIER M., ROUAULT A., SOMMER P., BRIANDET R., CASSIN D. (1995), Bacteriophages infecting dairy propionibacteria. Lait, 75, 427-434.

LORTAL S., ROUAULT A., GUEZENEC S., GAUTIER M. (1996), Lactobacillus helveticus : strain typing and genome size estimation by Pulsed Field Gel Electrophoresis. Curr. Microbiol. 34, 180-185.

BARON F., GAUTIER M., BRULE G. (1997), Factors inlvolved in the growth inhibition of Salmonella enteritidis in liquid egg white. J.Food Protection, 60, 1318-1323.

SCHOULER C., GAUTIER M., EHRLICH S.D., CHOPIN M.C. (1998), Combinational variation of restriction modification specificities in Lactocccus lactis. Mol. Microbiol., 28, 169-178.

GAUTIER M., ROUAULT A., HERVE C., SOMMER P., LERET V., JAN G., FRASLIN J.M., PREVOT F., COSTE A. (1998), Bacteriophage of dairy propionibacteria. Lait, 79, 93-104.

BARON F., GAUTIER M. (1998). Rapid growth inhibition of Salmonella enteritidis in egg white reconstitued from industrial egg white powder. J.Food Protection 62: 585-591.

HERVE C., COSTE A., ROUAULT A., FRASLIN JM., GAUTIER M. (2001), Lysogeny of propionibacteria., App. Environ. Microbiol. 1, 231-238.

CHOPIN M.C., ROUAULT A., GAUTIER M. (2002), A filamentous phage active on the Gram-positive bacteria Propionibacterium freudenreichii. J. Bact. 184, 2030-2033.

LE LOIR Y., BARON F., GAUTIER M. (2003), Staphylococcus aureus and food poisoning. Genet. Mol. Res. 2 (1): 63-76.

BARON F., NAU F., GUERIN-DUBIARD C., GONNET F., DUBOIS J.J., GAUTIER M. (2003), Effect of dry heating on the microbiological quality, functional properties and natural bacteriostatic ability of egg white after reconstitution. J. Food Prot. 66 (5) : 825-832.

VIDAL M.L., BARON F., HAMED A., MICHELl J., SELLIER N., GAUTRON J., PROTAIS M., BAUMONT C., GAUTIER M., NYS Y. (2003), Genetic variability in the anti-microbial activity of hen egg white. British Poultry Science 44(5) 791-792.

BENZAKOUR N., GAUTIER M., ANDONOV R., LAVENIER D., LECLERC N., SOROKIN A., LE LOIR Y. (2004) GenoFrag: software to design primers optimized for whole genome scanning by long-range PCR amplification.
Nucleic Acids Research, Vol 32 (1) : 17-24.

BARON F., BRIANDET R., LESNE J., HUMBERT F., ABLAIN W., GAUTIER M. (2004), Influence of a non favourable environment egg white on resistance to heat and disinfectant, bioadhesive properties and virulence of Salmonella Enteritidis. J. Food Prot. 2004 67(10): 2269-73.

BARON F., COCHET M.F., PELLERIN J. L., BENZAKOUR. N., LEBON A., NAVARRO A., PROUDY I., LE LOIR Y., GAUTIER M. (2004), Development of a PCR test for the differentiation between Staphylococcus aureus and Staphylococcus intermedius. J. Food Prot 67 (10) : 2302-5.

FREITAS D.A., LECLERC S., MIYOSHI A., OLIVEIRA S.C., SOMMER P., GAUTIER M., LANGELLA P, AZEVEDO V., LE LOIR Y. (2005), Secretion of Streptomyces tendae antifungal protein in Lactococcus lactis. Braz. J. Mol. Med. Res. 38 (11) : 1585-1592.

LE LOIR Y., AZEVEDO V., OLIVEIRA S.C., FREITAS D.A.,MIYOSHI A., BERMUDEZ-HUMARAN L.G., NOUAILLE S., RIBEIRO L.A., LECLERCQ S., GABRIEL J.E., GUIMARAES V.D., OLIVEIRA M.N., CHARLIER C., GAUTIER M., LANGELLA P. (2005), Protein secretion in lactococcus lactis : an efficient way to increase the overall heterologous protein production. Microbiol. Cell factories. D0I : 10.1186/1475-2859-4-.

BARON F., COCHET M.F., ABLAIN W., GROSSET N., MADEC M.N., GONNET F., JAN S., GAUTIER M. (2006), Rapid an cost-effective method for micro-organism enumeration based on miniaturization of the conventional plate-counting technique. Lait 86 : 251-257.

BARON F., COCHET M.F., GROSSET N., MADEC M.N., BRIANDET R., DESSAIGNE S., CHEVALIER S., GAUTIER M., JAN S. (2007), Isolation and Characterization of a Psychrotolerant Toxin Producer, Bacillus weihenstephanensis, in Liquid Egg Products. J. Food Prot. : 2782-2791.

SELLIER N., VIDAL M.L., BARON F., MICHEL J., GAUTRON J., PROTAIS M., BEAUMONT C., GAUTIER M., NYS Y. (2007), Estimations of repeatability an heritability of egg albumen antimicrobial activity and of lysozyme and ovotransferrin concentrations. Bristish Poultry Science Vol 48(5) : 559-566.

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BENZAKOUR N., STURDEVANT D.E., EVEN S., GUINANE C., BARBEY C., ALVES P.D., COCHET M.F., GAUTIER M., OTTO M., FITZGERALD J.R., LE LOIR Y. (2008), Genome-wide analysis of ruminant Staphylococcus aureus reveals diversification of the core genome. J. bact 190 (19) 6302-6317

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GAUTIER M., TALON R. (2009), Les staphylocoques à coagulase négative dans les fromages, les salaisons et le ateliers de fabrication: évaluation de la biodiversité et des risques sanitaires. Bull.Soc.Fr. Microbiol., 24 (4) 491-498.

POSTOLLEC F., BONILLA S., BARON F., JAN S., GAUTIER M., MATHOT A.G., HALLIER-SOULIER S., PAVAN S., SOHIER M. (2010), A multiparametric PCR-based tool for fast detection and identification of spore-forming bacteria in food. International Journal of Food Microbiology. 142 (1/2): 78-88.

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FENDRI I., HASSENNA A.B., GROSSET N., BARKALLAH M., KHANNOUS L.,CHUAT V., GAUTIER M., GDOURA R. (2013), Genetic Diversity of food-isolated Salmonella Strains through Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) and Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus (ERIC-PCR). PLOS ONE  Dec 3;8(12).

DERDE M., GUERIN-DUBIARD C., LECHEVALIER V., COCHET M.F., JAN S., BARON F., GAUTIER M., VIE V., NAU F. (2014), Dry-heating of lysozyme increases its activity against Escherichia coli. Acceptée dans Journal of Agricultural and Food Chemistry jan 22.

BARKALLAH M., GHARBI Y., HASSENNA A.B., SLIMA A.B., MALLEK Z.,  GAUTIER M., GREUB G.,  GDOURA R. and I. FENDRI. (2014), Survey of infectious etiologies of bovine abortion during mid- to late gestation in dairy herds . PLOS ONE Mars 9 ; 3.

Autres Publications

Chapitres d’ouvrage

LE LOIR Y., GAUTIER M. (2005), Staphylococcal food poisoning Encyclopedic Reference of Molecular Mechanisms of Disease. F. Lang (Ed.). Springer Edition.

BARON F., GAUTIER M. (2006), Sciences des aliments biochimie, microbiologie, procédés, produits. Vol 1 Stabilisation biologique et physicochimique.Tec & Doc Lavoisier Editeur , Paris, pp. 59-94.

BARON F., GAUTIER M. (2006), Evaluation des caractéristiques physico-chimiques et de la qualité des aliments  Vol. 1 : Stabilisation biologique et physico-chimique. Tec & Doc Lavoisier Editeur, Paris, 2006, pp. 352-364.

BARON F., GAUTIER M. (2006), Maîtrise de la qualité des aliments Vol. 1 : Stabilisation biologique et physico-chimique. Tec & Doc Lavoisier Editeur, Paris, 2006, pp. 343-351.

GAUTIER M. (2007), Ethics and microbiology: ethical issues raised by genetically modified microrganisms in Bioethics in life and environmental sciences. BRUMAR Edition, 181-196.

GAUTIER M., LELOIR Y. (2009), Staphylococcus aureus. Tec & Doc Lavoisier Editeur, Paris.

Publications de transfert

BARON F., GAUTIER M. (1995), Contrôles microbiologiques de la propreté des surfaces. Le Point. Nutrinov.

GAUTIER M. (2004), « Sécurité microbiologique de l’alimentation infantile » publié dans « l’alimentation des enfants de 0 à 3 ans » édité par le SIA (service d'information alimentaire).

BONILLA Stéphane, HALLIER-SOULIER Sylvie, SOHIER Danièle, BOUTON Sébastien, GAUTIER Michel, FESTOC Gabriel, CHABLAIN Patrice (2006), Détection et quantification des micro-organismes par amplification génétique in vitro (PCR) en temps réel. Bull. Soc. Fr. Microbiol. 21 (3).