Département agroalimentaire
AGROCAMPUS OUEST
65, rue de Saint-Brieuc
CS 84215
F-35042 Rennes Cedex France

tél : +33 (0)2 23 48 55 82
mobile : 06 86 70 77 87
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michel.gautier@agrocampus-ouest.fr

• Responsable du laboratoire de microbiologie d'AGROCAMPUS OUEST
• Animateur de la plateforme AgroValo Ouest
• Activités de recherche
• Activités dans le secteur privé
• Publications scientifiques et valorisation

Obtenu à l'université de RENNES 1, mon doctorat portait sur "l'amélioration de la résistance aux bactériophages des lactocoques par les techniques du génie génétique". Ce travail a été effectué dans le laboratoire de microbiologie dirigé par Alain et Marie-Christine CHOPIN, à l'époque un laboratoire INRA orienté sur la mise au point d'outils de biologie moléculaire permettant l'étude et l'amélioration génétique de lactococcus lactis.
Entré en tant qu'enseignant-chercheur à Agrocampus (alors l’ENSA) durant ce travail de thèse, je suis professeur dans ce même établissement depuis 1997. Mes principales responsabilités sont la direction du laboratoire de microbiologie d'Agrocampus Ouest depuis 2000 et celle de la valorisation de la recherche à AGROCAMPUS OUEST depuis 2005.  A ce titre, je suis animateur de la plate-forme AgroValo Ouest qui est chargée, sur le pôle agronomique de Rennes, de la valorisation de la recherche. Je suis aussi responsable du parcours MAMO (Microbiologie Alimentaire : Maîtrise et Optimisation) du master ALIM (Alimentation, Lait, Innovation, Management).

Responsable du laboratoire de microbiologie d'AGROCAMPUS OUEST

Ce laboratoire qui regroupe en moyenne 10 personnes, est chargé de l'enseignement de la microbiologie sur Agrocampus Ouest. Nous dispensons à ce titre un enseignement de microbiologie générale et des enseignements plus spécialisés : la biologie moléculaire appliquée aux bactéries, l'hygiène alimentaire, les fermentations microbiennes (aliments fermentés et production de molécules en fermenteur).
Nous organisons aussi de nombreuses sessions de formation continue : formation de base à la biologie moléculaire, la technique de PCR en temps réel, l'hygiène alimentaire. Chaque session a lieu une ou deux fois par an et est destinée aux professionnels de l'agroalimentaire (industriels, services vétérinaires) mais aussi aux chercheurs.
Ce laboratoire pilote également un parcours de master en microbiologie orienté sur les micro-organismes en industrie agroalimentaire (hygiène alimentaire, les aliments fermentés et la dépollution des environnements agroalimentaires). Outre les enseignants, il fait intervenir de nombreux professionnels qui font ainsi partager leurs expériences.

Animateur de la plateforme AgroValo Ouest

Cette plateforme permet la mutualisation de la valorisation de la recherche à l'échelle régionale bretonne de l'INRA, l'INRA Transfert et AGROCAMPUS OUEST. Son objectif est essentiellement la détection de résultats de recherche pouvant être valorisés d'un point de vue économique (création de brevets, de licences et de nouvelles entreprises et propositions d'offres technologiques). Rencontrer les scientifiques afin de leur proposer des outils permettant de valoriser leur recherche constitue une partie importante de mon travail. Une autre action essentielle consiste à intervenir en amont afin d'intégrer la valorisation le plus tôt possible dans l'élaboration des contrats de recherche. Cette plate-forme accueille aussi de jeunes entreprises : nous en hébergeons actuellement trois sur le campus, toutes orientées vers l'agroalimentaire.
Enfin, je suis chargé de promouvoir l'expertise des enseignants-chercheurs pour permettre une valorisation de leurs savoir-faire et de leurs compétences, extrêmement diversifiés : à chaque enseignant-chercheur correspond un domaine d'expertise qui lui est propre.

Activités de recherche

Mes activités de recherche concernent la microbiologie des aliments. Pendant une quinzaine d'années, j'ai travaillé sur des bactéries utilisées en tant que levain dans l'industrie laitière et fromagère (lactococcus lactis, propionibacterium sp.). Mon travail portait essentiellement sur l'utilisation de la biologie moléculaire en vue d'identifier les micro-organismes ou de développer des outils génétiques permettant leur amélioration. Depuis 10 ans, suite à la réorientation de certaines priorités de l'INRA, mon activité se porte sur l'étude des bactéries pathogènes des aliments, nous travaillons actuellement sur le comportement des bactéries pathogènes dans les ovoproduits.
Ces activités sont menées en collaboration avec Florence Baron  et Sophie Jan, deux collègues microbiologistes. Nos thèmes de recherche se déclinent actuellement en deux axes : le premier concerne l’étude de l’activité anti-microbienne du blanc d’œuf de poule. Le blanc d’œuf présente un large spectre d’activités bactériostatiques et bactéricides que nous souhaitons élucider. Les résultats de ces travaux devraient contribuer à la compréhension des interactions entre la matrice et les micro-organismes et des mécanismes fondamentaux de destruction des micro-organismes. Ils devraient permettre d’envisager une meilleure exploitation du pouvoir d’auto-défense du blanc d’œuf. Le second axe concerne la maîtrise et l’amélioration de l’hygiène des ovoproduits. Nous étudions l’influence des procédés technologiques et des pratiques d’élevage sur la flore des œufs et des ovoproduits. Le but est de proposer des moyens de maîtrise par le produit, le procédé ou l’amont.
Actuellement, nous concentrons nos efforts sur la maîtrise des bactéries du groupe Bacillus cereus dans cette filière puisque ces bactéries sporulées peuvent être à l’origine de problèmes sanitaires et/ou économiques. En effet, certaines souches de ce groupe produisent des toxines dans les aliments et/ou dans l’intestin, qui peuvent être à l’origine, respectivement, de vomissements ou de diarrhées. Elles présentent aussi un large spectre d’activités enzymatiques qui peuvent provoquer l’altération des ovoproduits, y compris à faible température dans le cas où des souches psychotrophes sont mises en jeu. Nous essayons donc d’acquérir des connaissances sur le niveau de contamination des œufs, les espèces rencontrées, leur capacité à germer, à se développer et à produire des toxines dans les ovoproduits à différentes températures. L’objectif est de proposer des moyens pertinents de contrôle, la maîtrise de ce risque étant un enjeu compétitif important pour les industriels producteurs d’ovoproduits.

Activités dans le secteur privé

J'ai été à l'origine d'une entreprise (GeneSystems) orientée sur le développement d’un appareil de PCR en temps réel utilisable en milieu industriel et permettant le dénombrement et l'identification des micro-organismes dans les environnements complexes (eau, aliment, etc.). A ce titre, j'ai appartenu au directoire de cette entreprise de la date de sa création (2000) jusqu’en 2004. J'ai ensuite accompagné son développement jusqu'à 2006. Fin 2008, GeneSystems (une vingtaine de salariés dont les ¾ sont scientifiques, ingénieurs ou doctorants), a été acquise par le groupe américain PALL.
J'interviens aussi dans des expertises concernant les crédits impôts recherches. Mandaté par la DGER, j’expertise, à la demande du ministère des Finances, les dossiers de demande de crédit impôt recherche de plusieurs entreprises agroalimentaires.
Depuis 2009, une autre activité d'expertise, importante en termes de temps, est celle effectuée dans la commission biotechnologie (OGM) de l'ANSES.

Publications scientifiques et valorisation

Liste des publications scientifiques

- Articles publiés dans des revues à comités de lecteurs internationaux

GAUTIER M., CHOPIN M.C. (1987). Plasmid-determined Restriction Modification systems and abortive infection in Streptococcus cremoris. Appl. Environ. Microbiol., 53, 923-927.

BLANCHARD A., GAUTIER M., MAYAU V. (1991). Detection and identification of mycoplasmas by ampligication of  rDNA. FEMS microbiol. lett., 81, 37-42.

GAUTIER M., MOUCHEL N., ROUAULT A., SANSEAU P. (1992). Determination of genome size of four species of Propionibacterium Pulsed-field Gel Electrophoresis. Lait, 72, 421-426.

GAUTIER M., ROUAULT A., LORTAL S., LE LOIR Y. (1992). Characterization of a phage infecting Propionibacterium freudenreichii. Lait, 72, 431-435.

BIDNENKO E.B., VALGASEVI R., CLUZEL P.J., PARREIRO R., MILLIER A., GAUTIER M., ANBA J., ERLICH S.D., CHOPIN M.C.(1993), Amélioration de la résistance des lactocoques aux bactériophages. Lait, 73, 199-205.

GAUTIER M., LORTAL S., BOYAVAL P., GIRARD F., LEMEE R., DE CARVALHO A.F., DUPUIS C. (1993), Les bactéries propioniques laitières, Lait, 73, 257-263.

GAUTIER M., ROUAULT A., MEJEAN S., MAUBOIS J.L. (1994) Partition of Lactococcus lactis bacteriophage during the concentration of micellar casein by tangential 0,1 µm pore size microfiltration. Lait, 74, 419-423.

CARVALHO A.F., GAUTIER M., GRIMONT F. (1994). Identification of dairy Propionibacterium species by  rRNA gene restriction patterns. Res. Microbiol., 145, 667-676.

CARVALHO A.F., GUEZENNEC S., GAUTIER M., GRIMONT P.A.D. (1995). Reclassification of  « Propionibacterium rubrum » as P.jensenii. Res. Microbiol., 146, 51-58.

GAUTIER M., ROUAULT A., LEMEE R., (1995). Electrotransfection of Propionibacterium freudenreichii TL 110. Letters App. Microbiol., 20, 125-129.

GAUTIER M., ROUAULT A., SOMMER P., BRIANDET R., (1995). Occurrence of Propionibacterium freudenreichii bacteriophages in Swiss Cheese. App. Environn. Microbiol, 61, 2572-2576.

GAUTIER M., DE CARVALHO A.F., ROUAULT A., (1995). DNA fingerprinting of dairy propionibacteria strains by Pushed-Field Gel Electrophoresis. Curr. Microbiol. 32, 17-24.

GAUTIER M., ROUAULT A., SOMMER P., BRIANDET R., CASSIN D., (1995). Bacteriophages infecting dairy propionibacteria. Lait, 75, 427-434.

LORTAL S., ROUAULT A, GUEZENEC S., GAUTIER M., (1996). Lactobacillus helveticus : strain typing and genome size estimation by Pulsed Field Gel Electrophoresis. Curr. Microbiol. 34, 180-185.

BARON F., GAUTIER M., BRULE G., (1997). Factors inlvolved in the growth inhibition of Salmonella enteritidis in liquid egg white. J.Food Protection, 60, 1318-1323.

SCHOULER C., GAUTIER M., EHRLICH S.D., CHOPIN M.C., (1998). Combinational variation of restriction modification specificities in Lactocccus lactis. Mol. Microbiol., 28, 169-178.

GAUTIER M., ROUAULT A., HERVE C., SOMMER P., LERET V., JAN G., FRASLIN J.M., PREVOT F., COSTE A. (1998). Bacteriophage of dairy propionibacteria. Lait, 79, 93-104.

BARON F., GAUTIER M., (1998). Rapid growth inhibition of Salmonella enteritidis in egg white reconstitued from industrial egg white powder. J.Food Protection 62: 585-591.

HERVE C., COSTE A., ROUAULT A., FRASLIN JM., GAUTIER M. (2001). Lysogeny of propionibacteria., App. Environ. Microbiol. 1, 231-238.

CHOPIN MC., ROUAULT A., GAUTIER M., (2002). A filamentous phage active on the Gram-positive bacteria Propionibacterium freudenreichii. J. Bact. 184, 2030-2033.

LE LOIR Y., BARON F. and GAUTIER M. (2003). Staphylococcus aureus and food poisoning. Genet. Mol. Res. 2 (1): 63-76.

BARON F., NAU F., GUERIN-DUBIARD C., GONNET F., DUBOIS JJ. and GAUTIER M. (2003). Effect of dry heating on the microbiological quality, functional properties and natural bacteriostatic ability of egg white after reconstitution. J. Food Prot. 66 (5) : 825-832.

VIDAL ML., BARON F., HAMED A., MICHELl J., SELLIER N., GAUTRON J., PROTAIS M., BAUMONT C., GAUTIER M and NYS Y. (2003). Genetic variability in the anti-microbial activity of hen egg white. British Poultry Science  44(5) 791-792.

BENZAKOUR N., GAUTIER M., ANDONOV R., LAVENIER D., LECLERC N., SOROKIN A. and LE LOIR Y. (2004). GenoFrag: software to design primers optimized for whole genome scanning by long-range PCR amplification.
Nucleic Acids Research, Vol 32 (1) : 17-24.

BARON F., BRIANDET R., LESNE J., HUMBERT F., ABLAIN W. et GAUTIER M. (2004). Influence of a non favourable environment egg white on resistance to heat and disinfectant, bioadhesive properties and virulence of Salmonella Enteritidis. J. Food Prot. 2004 67(10): 2269-73.

BARON F., COCHET M.. F., PELLERIN J. L., BENZAKOUR. N. LEBON A., NAVARRO ., PROUDY I., LE LOIR Y. and GAUTIER M. (2004). Development of a PCR test for the differentiation between Staphylococcus aureus and Staphylococcus intermedius. J. Food Prot 67 (10) : 2302-5.

FREITAS D.A, LECLERC S., MIYOSHI A. , OLIVEIRA S.C., SOMMER P., GAUTIER M., LANGELLA P, AZEVEDO V. and Y. LE LOIR (2005). Secretion of Streptomyces tendae antifungal protein in Lactococcus lactis. Braz. J. Mol. Med. Res. 38 (11) : 1585-1592.

LE LOIR Y., AZEVEDO V., OLIVEIRA S.C., FREITAS D.A.,MIYOSHI A., BERMUDEZ-HUMARAN L.G., NOUAILLE S., RIBEIRO L.A., LECLERCQ S., GABRIEL J.E., GUIMARAES V.D., OLIVEIRA M.N., CHARLIER C., GAUTIER M. and LANGELLA P. (2005). Protein secretion in lactococcus lactis : an efficient way to increase the overall heterologous protein production. Microbiol. Cell factories. D0I : 10.1186/1475-2859-4-2.

BARON F., COCHET M.F., ABLAIN W., GROSSET N., MADEC M.N., GONNET F., JAN S., GAUTIER M. (2006)
rapid an cost-effective method for micro-organism enumeration based on miniaturization of the conventional plate-counting technique. Lait 86 : 251-257

BARON F., COCHET M.F., GROSSET N., MADEC M.N., BRIANDET R., DESSAIGNE S., CHEVALIER S., GAUTIER M., JAN S. (2007). Isolation and Characterization of a Psychrotolerant Toxin Producer, Bacillus weihenstephanensis, in Liquid Egg Products. J. Food Prot. : 2782-2791.

SELLIER N, VIDAL M.L., BARON F., MICHEL J.; GAUTRON J., PROTAIS M., BEAUMONT C., GAUTIER M., AND NYS Y. (2007). Estimations of repeatability an heritability of egg albumen antimicrobial activity and of lysozyme and ovotransferrin concentrations. Bristish Poultry Science Vol 48(5) : 559-566.

CHARLIER C, EVEN S, GAUTIER M, and LE LOIR Y (2007). Acidification is not involved in the early inhibition of Staphylococcus aureus growth by lactococcus lactis in milk Acceptée en mars 2007 dans International dairy journal Vol 18(2): 197-203.

BOUJDAY S., BRIANDET R., SALMAIN M., HERRY J.M., MARNET P.G., GAUTIER M., PRADIER C.M. (2008)
Detection of pathogenic staphylococcus aureus bacteria by gold based immunosensors. Microchim Acta (2008) 163:203–209 .163:203–209 DOI 10.1007-s00604-008-0024-3.

BENZAKOUR N., STURDEVANT D.E., EVEN S., GUINANE C., BARBEY C., ALVES P.D., COCHET M.F., GAUTIER M., OTTO M., FITZGERALD J.R. AND LE LOIR Y. (2008). Genome-wide analysis of ruminant Staphylococcus aureus reveals diversification of the core genome; J. bact 190 (19) 6302-6317

ABLAIN W, HALLIER-SOULIER S., CAUSEUR D., GAUTIER M. and BARON F. (2009). Simple and rapid method for disruption and quantitative reverse transcriptase PCR: application to examination of camembert cheese. Dairy science and technology 89 (1) in press.

EVEN S., CHARLIER C., NOUAILLE S., BENZAKOUR N., CRETENET M., GAUTIER M., COCAIGN-BOUSQUET M., LOUBIERE P., LE LOIR Y. (2009). Staphylococcus aureus virulence expression is impaired by Lactococcus lactis during mixed cultures. Accepté le 16/04/2009 dans Applied and Environmental Microbiology.

REHAULT-GODBERT S., BARON F., GRASTEAU S., LABAS V., GAUTIER M., NYS Y. (2009). Effect of temperature, time of storage and embryonic development on activities of egg white against Salmonella enterica enteritidis
Soumis à J.Food. Prot

Autres Publications

- Chapitres d’ouvrage

LE LOIR Y and GAUTIER M : Staphylococcal food poisoning (2005). Encyclopedic Reference of Molecular Mechanisms of Disease. F. Lang (Ed.). Springer Edition.

BARON F et GAUTIER M (2006) Sciences des aliments : biochimie, microbiologie, procédés, produits. Vol. 1 : Stabilisation biologique et physicochimique. Tec & Doc Lavoisier Editeur , Paris, pp. 59-94.

BARON F et GAUTIER M (2006) Evaluation des caractéristiques physicochimiques et de la qualité des aliments. Vol. 1 : Stabilisation biologique et physico-chimique. Tec & Doc Lavoisier Editeur, Paris, 2006, pp. 352-364.

BARON F et GAUTIER M (2006) Maîtrise de la qualité des aliments. Vol. 1 : Stabilisation biologique et physicochimique. Tec & Doc Lavoisier Editeur, Paris, 2006, pp. 343-351

GAUTIER M (2007) Ethics and microbiology: ethical issues raised by genetically modified micro-organisms in bioethics in life and environmental sciences. BRUMAR Edition, 181-196

- Publications de transfert

Baron F. et Gautier M. (1995). Contrôles microbiologiques de la propreté des surfaces. Le Point. Nutrinov.

Gautier M. (2004). « Sécurité microbiologique de l’alimentation infantile » publié dans « l’alimentation des enfants de 0 à 3 ans » édité par le SIA (service d'information alimentaire).

BONILLA Stéphane, HALLIER-SOULIER Sylvie, SOHIER Danièle, BOUTON Sébastien, GAUTIER Michel, FESTOC Gabriel, CHABLAIN Patrice. Détection et quantification des micro-organismes par amplification génétique in vitro (PCR) en temps réel.
Bull. Soc. Fr. Microbiol. 21 (3), 20006