Le Département AGRERE assure les enseignements de 4 spécialisations, parfois en lien avec d'autres départements ou d'autres établissements d'enseignement supérieur du Ministère en charge de l'agriculture :

• Génie de l’environnement (GE)
• Protection des plantes et environnement (PPE)
• Sciences et productions végétales (SPV)
• Sciences halieutiques et aquacoles (SHA)

Le département assure en 1re, 2e et 4e année de formation d'ingénieur en agroalimentaire (des cours de physiologie végétale, de contrôle qualité, diagnostic et immunologie.

Les laboratoires Écologie et sciences phytosanitaires et Science du sol participent à l'enseignement du master professionnel Ingénierie environnementale.

Les laboratoires Science du végétal et Ecologie et sciences phytosanitaires participent à l'enseignement du master BioVIGPA (Biologie Végétale Intégrative : Gène, Plante, Agrosystème) et du master ProTeV en cohabilitation, notamment, avec l'université de Rennes 1 et de l'université d'Angers.

Les laboratoires Science du végétal et Science du sol participent aux enseignements du master Hydrogéologie, Hydrobiogéochimie, Hydropédologie (Hydro3 ) en cohabilitation avec l'université de Rennes 1.

Le laboratoire d'Ecologie halieutique participe aux enseignements du master Approche écosystémique de l'halieutique (AEH) en cohabilitation avec l'université de Bretagne Occidentale.

Le laboratoire Ecologie et sciences phytosanitaires participe aux enseignements du master Ecologie fonctionnelle comportementale et évolutive en cohabilitation avec l'université de Rennes 1.

En collaboration avec l'Université de Rennes 1 et le LEGTA Théodore Monod du Rheu, les laboratoires de Science du végétal et de Science du sol assurent des enseignements en licence professionnelle PARTAGER (Pratiques agricoles, Aménagement Rural, Techniques Alternatives et Gestion Écologique des Ressources).

Le département intervient aussi dans de nombreuses sessions du programme de la formation continue d'AGROCAMPUS OUEST.

Les laboratoires du département AGRERE participent à la plateforme ENVAM : environnement et aménagement élaborée à l’initiative de l’Université de Rennes 1 par un consortium d’établissements d’enseignement supérieur dont fait partie AGROCAMPUS OUEST.

Ce campus propose une offre de formation à distance aux niveaux master 1 et master 2 structurée en 3 pôles : gestion intégrée des territoires, eau, écologie et paysage.
Les enseignants-chercheurs d’AGRERE contribuent à ENVAM en participant à ses structures d’animation (comité de direction, comité d’experts) et en concevant des modules de formation.

Les enseignants-chercheurs d’AGRERE participent aussi à l’Université virtuelle environnement et développement durable (UVED) en contribuant à la création des modules introductifs et par l’intermédiaire d’ENVAM.