Ce projet se donne pour objectif de décrire, en s’appuyant principalement sur l'exemple de la sole commune dans le golfe de Gascogne et en Manche Est, les relations existant entre les conséquences des perturbations anthropiques au sein des nourriceries côtières et estuariennes, essentielles pour le renouvellement des ressources marines, et la dynamique des populations associées. En d'autres termes, dans quelles mesures les perturbations anthropiques au sein des nourriceries côtières ou estuariennes conditionnent elles le renouvellement des populations marines ?
 

• Au cours des dernières décennies, les nourriceries des espèces marines dépendantes des milieux côtiers et estuariens ont notamment été identifiées en mettant en relation la répartition spatiale des juvéniles de poissons avec des paramètres physiques du milieu (Rijndorp et al, 1992, Rogers, 1992 ; Rogers & Millner, 1996 ; Gibson, 1994 ; Gibson, 1997 ; Beck et al., 2001). Ces travaux qui, sur le littoral français de Manche-Atlantique, ont porté essentiellement sur la sole commune, utilisée comme espèce indicatrice, ont permis d’estimer l’importance respective des différents types d’habitats, et notamment de souligner le caractère déterminant des vasières peu profondes situées dans des secteurs estuariens et les baies semi-fermées (Riou et al., 2001 ; Le Pape et al., 2003ab). Ces travaux font aujourd’hui l’objet d’avancées en intégrant les paramètres biotiques dans la description des habitats de nourriceries (Le Pape et al., 2007).
• Une autre série de travaux a été réalisée dans le but d’analyser les conséquences des perturbations anthropiques sur la vie juvénile des ressources dépendantes de ces habitats (Gibson, 1994 ; Able, 1999 ; Meng et al., 2001). Ces recherches ont notamment porté, sur le littoral français de Manche Atlantique, sur l’estimation de la qualité des différents secteurs de nourricerie à partir de mesures portant sur la croissance des juvéniles de sole. Cette approche a permis de démontrer que, dans les estuaires de Seine et de Gironde, où la contamination par les xénobiotiques est forte, la densité et la croissance des juvéniles de sole sont plus faibles qu’ailleurs (Gilliers et al., 2006).

Finalement, en synthétisant les connaissances acquises sur le rôle des habitats côtiers et estuariens de nourricerie pour les ressources marines du plateau continental ainsi que sur les conséquences écologiques de l’altération quantitative et qualitative de ces secteurs, il est possible de montrer que, localement, l’altération de ces nourricerie réduit le nombre de juvéniles (Jones et al, 2002). Ce constat se vérifie d’ailleurs pour les populations de sole en Manche Est et dans le golfe de Gascogne (Le Pape et al., 2004 ; Le Pape et al., sous presse).
 
Dans ce cadre, cette thèse aura pour objectif d’analyser, à l’échelle des populations marines, les conséquences des perturbations anthropiques subies au cours de la phase juvénile du cycle de vie, lorsque les poissons sont concentrés sur des nourriceries côtières et estuariennes (Hill & Caswell, 2001 ; Levin et Stunz, 2005). Ce projet sera principalement basé sur deux constats :

• les conséquences néfastes des xénobiotiques sur la croissance, le développement et la survie des juvéniles de sole au sein de leurs habitats côtiers et estuariens ont été mises en évidence (Klanjscek et al., 2006), notamment sur le littoral français de Manche Atlantique (Gilliers et al. 2006), et font désormais l’objet d’analyses approfondies.
• les modifications physiques des secteurs côtiers et estuariens ont conduit a une réduction considérable de la surface des habitats de nourricerie de poissons au sein de ces secteurs (de l’ordre de deux tiers à l’échelle mondiale au cours de l’ère industrielle (Lotze et al., 2006) et ce constat est valable sur les côtes françaises de Manche-Atlantique, et tout particulièrement en estuaire de Seine (Le Pape et al., sous presse).

Ce projet de thèse aura donc pour objectif d’analyser, à l’échelle de la Manche Est et du golfe de Gascogne, les conséquences de ces deux types de perturbations anthropiques des milieux côtiers et estuariens, habitats essentiels de nourriceries, sur le renouvellement des populations de sole. L’utilisation de modèles spatialisés axés sur l’histoire de vie des juvéniles et l’impact des xénobiotiques (Klanjscek et al., 2006), intégrant des cartes quantitatives d’habitats développées à partir du couplage de modèles et de systèmes d’informations géographiques (Le Pape et al., 2003a), en tenant compte des modifications morphologiques des nourriceries, constituera un outil essentiel de ce projet.
Cette thèse s’appuiera sur plusieurs travaux antérieurs ou en cours :

• les données et études précédentes, menées depuis bientôt trois décennies, sur les nouriceries côtières et estuariennes de sole en Manche Est (Riou et al., 2001) et dans le golfe de Gascogne (Le Pape et al., 2003a), qui ont abouti à modéliser les nouriceries en fonction des caractéristiques physiques du milieu et à établir des cartes quantitatives de ces habitats,
• les travaux en cours sur l’évaluation des conséquences écotoxicologiques des contaminants chimiques sur l’histoire de vie des juvéniles,
• les analyses à long terme qui ont permis d’analyser l’évolution morphologique des sites côtiers et estuariens (Lesueur, 1999).